親子鑒定應用的原理是孟德爾遺傳學。即孩子的基因型一半來自父親，另一半來自母親。
遺傳學的兩個基本定律——分離定律和自由組合定律，統稱為孟德爾遺傳規律。
因此，在分析兩者間的親子關系時，看每一位點對應的兩者數據是否至少有一個數字完全相同，至少有一個相同的才代表符合遺傳規律，即子代的遺傳基因能從親代中找到遺傳的來源。如親代的基因型為12、16，子代的基因型的兩個數字至少有一個是12或是16。
判定親生關系的理論依據是孟德爾遺傳的分離律。按照這一規律，在配子細胞形成時，成對的等位基因彼此分離，分別進入各自的配子細胞。精、卵細胞受精形成子代，孩子的兩個基因組一個來自母親，一個來自父親;因此同對的等位基因也就是一個來自母親，一個來自父親。鑒定結果如果符合該規律，則不排除親生關系，若不符合，則排除親生關系(變異情況除外)。
在大多數的情況下，母、子關系是已知的，要求鑒定假設父和孩子是否親生關系。此時首先從母、子基因型的對比中，可以確定孩子基因中可能來自父親的基因(生父基因，OG)。 然后觀察假設父親的基因型，如果不具有生父基因，則可排除假設父與孩子的親生關系。若假設父也具有生父基因，結果就不能排除假設父的親生關系，假設某案例中母親是FGA-22/23型，孩子為22/25型，從比較中可確定生父基因是FGA-25。此案中假設父1為FGA-22/24型;假設父2為24/25型。其中假設父1不具備生父基因25，故可排除他與孩子的親生關系;相比之下，假設父2因具有FGA-25，不排除與孩子有親生關系。
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