個人親子鑒定和司法親子鑒定其檢測標準和判斷標準一樣，不同的之處有：
1 條件不同：個人親子鑒定只需要提供合格的樣本即可；司法親子鑒定需要當事人在場并提供有效證件。
2 效力不同：個人親子鑒定僅能作為個人參與用，不具有司法效力；司法親子鑒定不僅可以作為個人參與，還可以用于公檢法上的司法用途，如上戶、遷戶、辦理出生醫學證明、法律用途等。
3 報告內容不同：個人親子鑒定報告里面的內容有樣本信息、、檢驗過程、檢驗結果、分析說明、咨詢意見等；司法親子鑒定報告里面的內容有：基本情況、檢案摘要、檢驗過程、檢驗結果、分析說明、咨詢意見以及被鑒定人的電子照片、被鑒人的身份證明、司法鑒定許可證、司法鑒定人執業證等。
4 蓋章不同：個人親子鑒定報告一般只加蓋單位DNA鑒定專用章；司法親子鑒定需要加蓋國家司法鑒定專用章以及與之相對應的鋼印。
5 樣本范圍不同：個人親子鑒定因只要提供的樣本負責因此可以用個人親子鑒定的樣本有常規樣本-血痕、毛發（帶毛囊的頭發）、口腔拭子（口腔黏膜細胞），特殊樣本-煙頭、羊水、指甲、口香糖、蠟塊、牙刷、口杯、吸管、肌肉組織、經血、鼻血、純精斑、胎兒流產物、混合精斑等；而司法親子鑒定一般都是現場采集樣本只能用血痕或口腔拭子（口腔拭子一般只對小孩或不方便采集的個體）。
6 委托方式不同：個人親子鑒定可以自己委托也可以讓別人送樣委托，不需要核實當事人的身份；司法親子鑒定一般是需要年滿18周歲的合法即有效身份證明的公民委托鑒定，或是第三方公證（公檢法）委托鑒定。
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