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鄧亞軍很爽快地說有興趣!汪建補充了一句這可是個新單位，既沒錢也沒人。鄧亞軍說我不介意!一一盡管她還可以選擇其他更輕松的職位，但是相比之下，司法鑒定與她的專業直接相關，她也有過在法醫一線工作的經歷，而且那時國家剛剛將包括DNA親子鑒定在內的司法鑒定業務，向社會第三方鑒定機構放開，相當于是一個全新的領域，對鄧亞軍這種喜歡沖鋒陷陣的性格再合適不過。

2002年11月，華大方瑞司法鑒定中心正式成立;次年1月，鄧亞軍被任命為該中心主任。隨后她開始做前期項目的籌備，并且準備正式接受社會委托，就在這期間，突如其來的非典疫情降臨了。

那場疫情給中國公眾帶來的震蕩和沖擊是前所未有的，但是對于鄧亞軍而言卻完全是另外一場戰爭一一她被迫放下手頭其他事情，技人到抗擊非典的戰役中去。當時不為人所知的是，除了小湯山醫院外，中科院北京基因組研究所也是抗擊非典的重要戰場，他們承擔了分離SARS病毒，并為其做DNA測序的重要任務。