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參加這個項目，讓鄧亞軍一下打開了眼界，開始真正接觸到世界一流的研究技術和成果，比如自己參與的項目能在《自然》這樣的國際頂級雜志上發表論文，這就相當于運動員在奧運會上拿到金牌，這在以前完全是不可想象的。
然而更大的挑戰還在后面，在國際人類基因組計劃接近完成的同時，楊煥明、汪建等人還把目光投向了中國的超級雜交稻。
當時以日本為首的多國代表制訂了國際水稻基因組測序計劃，為充分開發利用超級雜交稻這一寶貴的國家資源，同時繼續保持我國在雜交水稻育種領域的國際領先地位，華大方面決定聯合國家雜交水稻工程技術研究中心，進行中國超級雜交水稻基因組計劃
鄧亞軍擔任主管后，負責的就是為超級雜交稻測序的重要任務一一當時在研究中心，資歷比她深、學歷比她高的人并不少，而將她提拔到這個崗位的汪建認為:鄧亞軍盡管年輕，但是她勇于承擔責任，敢做敢當，有很強的正義感，這些品質在關鍵時刻比單純的學歷、資歷更重要。
由于在國際人類基因組計劃中積累了不少經驗，中國的水稻基因組計劃進行得非常順利，畢竟水稻的DNA堿基數目只是人類的1/150為了完成這個項目，中國方面一共技人了2億元人民幣，而日本牽頭的國際水稻基因組測序計劃到結束時一算賬，也花了2個億，不過是美金。
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